Сюжет гри починається з того , що Дезмонд прокинувся в первинної тестової програмі Анимуса , де вже знаходиться 16 -й ( як з'ясувалося , його ім'я - Клей Качмарек ) . 16-й пояснює йому , що Анімус намагається знайти Дезмонда і видалити , як шкідливий вірус , а Клей щосили намагається запобігти цьому. Дезмонд повинен буде пережити останні спогади своїх предків , і зіткнутися зі своїм власним минулим , і якщо це йому вдасться , то відбудеться сінхронексус і він зможе вийти з коми .1511 . 52- річний майстер - ассасин Еціо Аудиторові та Фіренце відправляється на Схід , на батьківщину великого ассасина Альтаїра ібн Ла- Ахада , де шукає сліди загубленої бібліотеки Ордена ассасинів . Це небезпечну подорож обіцяє бути повним відкриттів і одкровень. Після прибуття в засніжений Масіаф Еціо виявляє, що місто окуповане візантійськими тамплієрами . Програвши битву з ними , Еціо дивом уникає смерті в полоні від рук жорстокого Леандра , капітана тамплієрів. Пробравшись у катакомби , Еціо виявляє, що для доступу до бібліотеки Альтаїра потрібні п'ять печаток - ключів. Одна з печаток вже потрапила до рук тамплієрів , і Еціо належить відняти у Леандра щоденник Нікколо Поло , в якому дана інформація про ключі . Вийшовши з села , Еціо у візку переслідує Леандра , але візантійські бомбісти на бігу знищують повозку і важко ранять Еціо . Ця гонитва привела його в поселення в горах , яке перебуває під контролем візантійців . Пробравшись в цитадель , ассасин вбиває варту і самого Леандра . Перед смертю тамплієр віддає щоденник Еціо , сказавши , що книга йому вже не допоможе і один ключ вже знайдений візантійцями . Він також говорить , що тамплієрам не потрібні книги Альтаїра , а потрібні лише вказівки , які спрямують їх до нікому Великому Храму ...